Funkcjonalność „Pliki” służy do przeglądania i pobierania plików komunikatów dotychczas wygenerowanych i przekazanych do systemu SZOI NFZ oraz dotychczas zaimportowanych z systemu SZOI NFZ. Po wybraniu tej funkcjonalności wyświetlają się zakładki o nazwach odpowiadających rodzajom plików komunikatów. Kliknięcie na zakładce wyświetla listę plików komunikatów danego typu przechowywanych na serwerze. Dla każdego pliku wyświetlana jest nazwa, rozmiar i data utworzenia. Kliknięcie na nazwie pliku pozwala pobrać plik i zapisać go na dysku komputera użytkownika.